เรื่องราว Academy City แบ่งออกเป็นเขตของตนเองและถือว่าเป็นอิสระต่อกัน โดยมีสภานักเรียนทำหน้าที่เป็นคณะกรรมการบริหารสถานศึกษาโดยรวม อย่างไรก็ตาม การปกครองต้องหยุดชะงักลงเมื่อประธานสภานักเรียนหายตัวไปอย่างลึกลับ นอกจากนี้ปัญหานับไม่ถ้วนเริ่มปรากฏให้เห็นทั่ว Kivotos เพื่อหยุดความวุ่นวาย สภานักเรียนจึงขอความช่วยเหลือจาก Federal Investigation Club หรือที่รู้จักกันในชื่อ “Schale” สโมสรใหม่ล่าสุดของเมืองและเป็นสโมสรสุดท้ายที่ได้รับการอนุมัติก่อนที่ประธานสภาจะหายตัวไป (นักเรียนจะต้องพกอาวุธส่วนตัวและสมาร์ทโฟนให้พร้อม เตรียมสัมผัสประสบการณ์ทางการรบ การรัก และมิตรภาพที่ Academy City มอบให้ได้เลย!)