เรื่องราว พรีเคียวมหัศจรรย์! อะนิเมะตั้งอยู่ใน Animal Town เมืองที่สัตว์และผู้คนอยู่ร่วมกันอย่างกลมกลืน นักเรียนมัธยมต้นชั้นปีที่สอง อิโรฮะ อินุไค เป็นเพื่อนที่ดีที่สุดกับสุนัขของเธอชื่อโคมุกิ วันหนึ่งอิโรฮะและโคมูกิออกไปเดินเล่นและพบกับสิ่งมีชีวิตลึกลับชื่อการ์กัลที่ออกอาละวาดในเมือง ทันใดนั้นโคมุกิก็แปลงร่างเป็นพริตตี้เคียวชื่อเคียว วันเดอร์ฟูล เพื่อปกป้องอิโรฮะ